Drejtoria Ekonomike (DE) është njësi administrative ekonomiko-financiare pranë Rektoratit të UE-së në varësi të Administratorit të Universitetit. Drejtoria ekonomike ndjek hartimin dhe zbatimin e procedurave ekonomiko-financiare të Universitetit. Drejtoria ekonomike evidenton mbajtjen e dokumentacionit përkatës manual dhe elektronik, në lidhje të ngushtë me organizmat financiare shtetërore, në zbatim të akteve ligjore e nënligjore financiare. Drejtori ekonomik është Nëpunësi Zbatues (NZ), në rolin e sekretarit të Grupit të Menaxhimit Strategjik (GMS) të Universitetit. Drejtoria ekonomike kryen këto funksione administrative ekonomiko-financiare:

• Me autorizim të Administratorit, zbaton të gjitha vendimet e Bordit të Administrimit dhe të Senatit Akademik me karakter financiar dhe administrativ;
• Përgatitjen e dokumentit përfundimtar të Plan Buxhetit Afatmesëm (PBA) e Plan Buxhetit vjetor dhe bashkërendimin e punës gjatë procesit të përgatitjes së Buxhetit të Universitetit;
• Përgatit raportimin periodik për vendimmarrjen, në funksion të realizimit të objektivave të veta lidhur me pjesën e të ardhurave dhe shpenzimeve të realizuara, kontabilizimin e tyre, si dhe të plotësimin e Pasqyrave Financiare vjetore të Universitetit, në përputhje me kërkesat e legjislacionit në fuqi dhe rregullat e miratuara nga ministri përgjegjës për financat;
• Mbështetjen e NA, në lidhje me ngritjen dhe zbatimin e sistemit të MFK, menaxhimin e riskut dhe paraqitjen e raportit të përgjithshëm të risqeve tek titullari dhe grupi i menaxhimit strategjik (GMS)
• Monitoron dhe ndjek nëpërmjet strukturave administrative të Universitetit, donacionet dhe burimet e tjera të ligjshme të financimit të projekteve të huaja, në zbatim ta akteve të MFE-së për këtë qëllim;
• Përgatit raportin dhe p/vendimet përkatëse, që Administratori propozon për miratim, kriteret për administrimin e burimeve financiare dhe materiale, për miratimin e vendosjen e pagesave të studentëve për arsimim në fillim të vitit akademik, vendosjen e tarifave për shërbimet e kryera ndaj studentëve, vendosjen e tarifave për shërbime të ligjshme ndaj palëve të treta.
• Me urdhër të Administratorit NA kryen në mënyrë periodike veprimet ekonomiko-financiare duke plotësuar dokumentacionin nevojshëm, që kërkohet nga sistemi SIFQ në Degën e Thesarit Elbasan, nëpërmjet veprimeve në sistemin elektronik AFMIS nga specialisti i financës me miratim të Nëpunësit zbatues NZ;
• Përgatit periodikisht dhe rakordon me Degën e Thesarit Elbasan evidencat progresive të të ardhurave dhe shpenzimeve mujore. Përgatit në fund të vitit buxhetor, raportin përfundimtar të ardhurave vjetore e të ardhurave të trashëguara në vitin pasardhës, situacionin përfundimtar të shpenzimeve, evidencën e të ardhurave të çelura për përdorim të papërdorura të cilat trashëgohen në vitin pasardhës, evidencën e granteve të papërdorura e të trashëguara në vitin pasardhës;
• Bashkëpunon me strukturat dhe autoritetet e tjera të Universitetit dhe jashtë tij, për çështje të administrimit të përditshëm;
• - deklaron punonjësit në punë dhe largimin e tyre në sistemin e tatimeve, kryen procedurat e pagesave të punonjësve dhe i regjistron në librin e pagave mujore për secilin punonjës në formë elektronike;
• - përgatit listëpagesat e bursave financiare të studentëve dhe regjistron në regjistrin elektronik të bursave për çdo muaj, si dhe rimbursimeve të studentëve nga pagesat gabimisht të tarifave të shkollimit;
• - Në zbatim të VBA-së evidenton detyrimet e studentëve të pagesave për shkollimin, në programin elektronik nga i cili gjenerohen faturat për arkëtim dhe regjistron pagesat e kryera nga çdo student për arkëtimet e kryera;
• Zbaton Urdhrat e Administratorit për procedurat e administrimit, inventarizimit dhe mirëmbajtjen e pasurive të luajtshme dhe të paluajtshme të Universitetit, rakordon çdo fund viti për lëvizjet në aktivet e qëndrueshme dhe qarkulluese, përgatit çdo fund viti materialin për kryerjen e inventarëve fizikë në aktivet e qëndrueshme dhe qarkulluese të Universitetit.
• Përgatit në bashkëpunim me drejtoritë e tjera në Rektorat raportin dhe p/vendimet përkatëse, që Administratori propozon Bordit të Administrimit për miratim procedure apo shqyrtimit dhe miratimit përfundimtar të kërkesave për përfitim burse dhe përjashtim nga tarifa vjetore e shkollimit apo ulje të saj, për vitin akademik aktual, sipas akteve ligjore e nënligjore.